Das Thema Darmmikrobiom ist in den letzten Jahren regelrecht explodiert, in der Forschung, aber auch auf Social Media, in Wellnessprogrammen und im Self-Optimization-Trend. Patient:innen kommen immer häufiger mit seitenlangen, farblich aufbereiteten Mikrobiom-Befunden in meine Sprechstunde und stehen vor der Frage: „Und was bedeutet das jetzt eigentlich für mich?“ Andere wiederum überlegen, ob ein Mikrobiomtest bei Reizdarm, SIBO, hormonellen Beschwerden oder chronischer Erschöpfung sinnvoll sein könnte.
Meine ehrliche Antwort: aus Sicht einer Ärztin für funktionelle Medizin mit klinischer Erfahrung: Ja, Mikrobiomtests können sehr hilfreich sein. Aber: Nicht jedes Mikrobiom-Mapping ist medizinisch sinnvoll.
Dieser ausführliche Artikel zeigt dir
- was Mikrobiomtests wirklich leisten,
- was Mikrobiomtests NICHT leisten können,
- welche Untersuchungen sinnvoll sind,
- und warum die Diagnostik in manchen Fällen rausgeschmissenes Geld ist.
Was sagen Leitlinien, Reviews & Konsensuspapiere zu Mikrobiomtests?
Bevor wir über Praxis sprechen, lohnt sich ein Blick auf die aktuelle Evidenz.
Denn das Thema Mikrobiomtest wird in der Öffentlichkeit oft sehr vereinfacht dargestellt. Wissenschaftlich betrachtet ist die Lage viel komplexer und vorsichtiger.
Das sagen hochrangige Publikationen (2024/2025):
- Ein internationales Konsensus-Statement warnt vor einer unkritischen Nutzung von Mikrobiom-Profilen in der Routineversorgung
- Eine Studie des Pharmabiotic Research Institute (PRI) verglich verschiedene kommerzielle Anbieter, mit teilweise massiv divergierenden Ergebnissen aus ein und derselben Stuhlprobe
- Die AGA-Leitlinien betonen, dass Probiotika nur bei wenigen klar definierten Krankheitsbildern eindeutig empfohlen werden können
- Die ACG-Guidelines zu SIBO sehen Atemtests – und NICHT Stuhl-Mappings – als diagnostisches Mittel der Wahl
- Gut validierte Marker wie Calprotectin, Pankreaselastase und okkultes Blut gelten dagegen als diagnostisch hoch reliabel
Damit wird deutlich: Stuhldiagnostik ist medizinisch wertvoll, aber nicht jedes Mikrobiomprofil liefert klinisch bedeutsame Informationen.
Das Mikrobiom ist ein hochdynamisches System, kein statischer „Fingerprint“
Die Vorstellung eines festen, stabilen „Mikrobiom-Fingerabdrucks“ ist wissenschaftlich nicht haltbar.
Das Darmmikrobiom reagiert sensibel auf:
- Ernährung
- Medikamente (insbesondere Antibiotika, Protonenpumpenhemmer, NSAR)
- Stress & Schlaf
- Infekte
- Hormonelle Veränderungen
- Zyklusphasen
- Lebensstil & Bewegung
- Reisen & Umweltfaktoren
Selbst eine kurzfristige Ernährungsumstellung kann innerhalb weniger Tage zu messbaren Veränderungen führen.
Ein Mikrobiomtest stellt daher immer nur eine Momentaufnahme dar. Er ist ein Foto, kein Film.
„Viele Patient:innen wundern sich, warum ihr Mikrobiom in zwei Tests so unterschiedlich aussehen kann. Die Erklärung ist einfach: Das System ist extrem dynamisch.“
– Dr. med. Roze Saguner-Imsak
Ein einzelner Test kann Hinweise liefern, aber niemals die vollständige Geschichte erzählen.
Deshalb sollten Mikrobiom-Befunde IMMER in Verbindung mit Anamnese, Symptomen und anderen diagnostischen Verfahren interpretiert werden.
Es gibt keinen weltweit gültigen Referenzbereich für ein „gesundes Mikrobiom“
Hier liegt einer der größten Fallstricke kommerzieller Mikrobiomtests:
Es gibt keinen globalen Standard dafür, was ein „gesundes“ oder „optimales“ Mikrobiom ist.
Während ein Blutwert wie Hämoglobin klar definiert ist (z. B. Anämie < 12/13 g/dl), gilt das beim Mikrobiom nicht.
Die Gründe:
- Labore verwenden unterschiedliche Analyseverfahren (16S, Shotgun Metagenomics, qPCR etc.)
- Referenzdaten beruhen auf völlig verschiedenen Populationen
- Auswertung & Interpretation sind nicht einheitlich standardisiert
- Die Ergebnisse hängen stark vom Algorithmus ab
- Manche Labore arbeiten mit fragwürdigen „Wohlfühl-Scorings“ ohne klinische Relevanz
Eine große französische Studie zeigte: Der gleiche Mikrobiomtest führte bei verschiedenen Anbietern zu unterschiedlichen Interpretation und teilweise widersprüchlichen Ernährungsempfehlungen.
Wissenschaftlich bedeutet das: Ein Mikrobiom Profil ist interessant, aber noch weit davon entfernt, ein zuverlässiger klinischer Marker zu sein.
Ein Mikrobiomtest zeigt vor allem den Dickdarm, nicht den Dünndarm
Viele Beschwerden wie:
- Blähbauch
- Druckgefühl
- starke Gasbildung
- Bauchschmerzen
- schnelle Beschwerden nach dem Essen
haben ihren Ursprung im Dünndarm, nicht im Dickdarm.
Und genau hier liegt der Knackpunkt:
Ein Mikrobiomtest zeigt primär das Dickdarmsystem. Der Dünndarm bleibt größtenteils unberührt.
Für Dünndarmthemen – etwa bei Verdacht auf SIBO, IMO oder H₂S-Dysbalancen – sind die Mittel der Wahl:
- Atemgastests
- ggf. Dünndarmdiagnostik (je nach Fragestellung)
Die ACG-Leitlinien sind eindeutig: SIBO wird NICHT durch einen Mirkrobiomtest diagnostiziert. Ein Stuhl-Mapping kann also ein faszinierender Blick auf den Dickdarm sein, löst aber die typischen „SIBO-Fragen“ nicht.
Probiotika: funktionell wichtig, aber kein Ersatz für Diagnostik
Viele Menschen glauben, Probiotika könnten „fehlende Stämme auffüllen“.
Die Forschung zeigt jedoch ein anderes Bild:
- Probiotika kolonisieren den Darm nicht dauerhaft
- Ihre Effekte sind überwiegend funktionell
- Sie wirken über Immunmodulation, Milieuveränderungen & Konkurrenzmechanismen
- Nach Absetzen verschwinden die meisten Stämme wieder aus dem Stuhl
Probiotika können wertvoll sein, aber sie sind:
- kein Ersatz für eine fundierte Diagnostik
- keine Garantie gegen Beschwerden
- nicht automatisch passend, nur weil „ein Stamm fehlt“
Sie sind ein Baustein, aber niemals die ganze Lösung.
Wo Stuhldiagnostik wirklich stark ist
Trotz der Limitierungen von Mikrobiom-Mappings gibt es drei Bereiche, in denen Mikrobiomtests klinisch hochrelevant und evidenzbasiert sind:
Erregerdiagnostik
Hier ist Stuhldiagnostik Goldstandard:
- Parasiten
- Protozoen
- C. difficile
- H. pylori (Antigen-Test – leitlinienkonform)
Diese Ergebnisse führen zu klaren, konkreten therapeutischen Konsequenzen.
Verdauungsleistung & Entzündung
Gut validierte Marker:
- Pankreaselastase zur Beurteilung der exokrinen Pankreasfunktion
- Calprotectin zur Abgrenzung von entzündlichen Darmerkrankungen
- Alpha-1-Antitrypsin, okkultes Blut bei spezifischer Fragestellung
Diese Werte sind diagnostisch verlässlich, standardisiert und klinisch äußerst wertvoll.
Immun- & Schleimhautmarker
In der funktionellen Medizin können zusätzliche Marker Hinweise auf:
- Schleimhautreizung
- Barrierestörung
- Immunaktivität
geben, allerdings immer vorsichtig interpretieren und nie isoliert.
Zukunft: Metabolom, Hormonsystem & Systemmedizin
Die Forschung untersucht intensiv faszinierende Zusammenhänge zwischen Mikrobiom und:
- Autoimmunerkrankungen
- Atopien
- Östrogenrecycling
- Gallensäuren
- Histaminstoffwechsel
- Depressionen & Angststörungen
- viszeraler Hypersensitivität
- neurodegenerativen Erkrankungen
Projekte wie „Le French Gut“ sollen in Zukunft klarere Referenzdaten schaffen. Wir stehen also an der Schwelle zu einem medizinischen Durchbruch – aber wir sind noch nicht dort.
Was ich meinen Patient:innen in der Praxis mitgebe
Meine Grundregel lautet:
Testen ja, aber nur mit klarer Fragestellung, valide Methode und therapeutischer Konsequenz.
Nicht immer sinnvoll oder zielführend sind:
- „Nur mal schauen, wie mein Mikrobiom aussieht“
- Tests aus Neugier oder Selbstoptimierungsmodus
- Nachtests nach „1 Jahr Probiotika“
- Empfehlungen wie „Stamm X fehlt, nimm Probiotikum Y“
Sinnvoll sind:
- gezielte Stuhldiagnostik
- klar definierte medizinische Fragestellungen
- Labore, die standardisiert & transparent arbeiten
- Einbettung in das Gesamtbild (Symptome, Anamnese, Befunde)
Fazit: Mikrobiomtest: sinnvoll oder rausgeschmissenes Geld?
Mikrobiom Testungen können spannend, informativ und in manchen Fällen medizinisch wertvoll sein, aber sie sind kein Orakel, das allein aus einer Stuhlprobe zuverlässig feststellt:
- was du essen sollst,
- welche Erkrankungen du bekommst,
- welches Probiotikum „dir fehlt“,
- oder wie gesund dein Darm wirklich ist.
Richtig eingesetzt kann Stuhldiagnostik jedoch:
- Erreger identifizieren
- Entzündung abgrenzen
- Verdauungsleistung beurteilen
- Therapieentscheidungen erleichtern
Unsinnig eingesetzt ist sie
- teuer,
- irreführend,
- und therapeutisch unproduktiv.
Wenn du über einen Stuhltest nachdenkst, achte darauf, dass er gezielt, sinnvoll und leitlinienorientiert eingesetzt wird: nicht aus Marketing, Angst oder Verunsicherung heraus.
Du möchtest wissen, ob ein Stuhltest bei dir sinnvoll ist?
Ich unterstütze dich gerne dabei, die richtige Diagnostik auszuwählen: präzise, evidenzbasiert und auf deine individuelle Situation abgestimmt. Hier kannst du deine Sprechstunde buchen. Gemeinsam finden wir heraus, welche Tests wirklich sinnvoll sind und welche du dir sparen kannst.
Quellenverzeichnis:
1. Lynch & Pedersen – The Human Intestinal Microbiome in Health and Disease (NEJM)
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMra1600266
2. Integrative Human Microbiome Project – Nature (2019)
https://www.nature.com/articles/s41586-019-1238-8
3. Guzman-Castañeda et al. – Temporal dynamics of the gut microbiome
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36761170/
4. Falony et al. – Population-level microbiome variation (Science)
https://www.science.org/doi/10.1126/science.aad3503
5. Vandeputte et al. – Quantitative microbiome profiling (Nature)
https://www.nature.com/articles/nature24460
6. Daquigan et al. – Variability among commercial microbiome tests
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0285092
7. Schloss (mBio) – Reproducibility problems in microbiome research
https://journals.asm.org/doi/10.1128/mBio.00579-18
8. ACG Clinical Guideline: Hydrogen/Methane Breath Testing
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28071647/
9. Pimentel et al. – Rethinking SIBO (Clin Gastroenterol Hepatol)
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31734235/
10. Sachdev & Pimentel – Differentiating SIBO from IBS
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28389236/
11. Kolho et al. – Fecal calprotectin clinical use
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24845103/
12. Löser et al. – Faecal elastase as pancreatic function test
https://gut.bmj.com/content/39/4/580
13. Van Rheenen et al. – Calprotectin to screen IBD vs IBS (BMJ)
https://www.bmj.com/content/341/bmj.c3369
14. Crobach et al. – Clostridioides difficile diagnostic guidance
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27765955/
15. American College of Gastroenterology – H. pylori Guideline
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28071659/
16. Lafond et al. – Diagnostic considerations for parasites (CMR)
https://journals.asm.org/doi/10.1128/CMR.00014-17
17. Suez et al. – Probiotics impair post-antibiotic recovery (Cell)
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(18)31070-X
18. McFarland – Evidence-based review of probiotics for IBS
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26559459/
19. Sanders et al. – Probiotics and the microbiota (Nature Reviews)
https://www.nature.com/articles/s41575-019-0233-3
20. Thaiss et al. – Microbiome & immunity (Nature)
https://www.nature.com/articles/nature17645
21. Vieira-Silva et al. – Drivers of the gut microbiome (Cell)
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01160-6
22. The Le French Gut Project
https://lefrenchgut.fr
23. AGA Clinical Practice Update on Probiotics (2020)
https://www.gastrojournal.org/article/S0016-5085(20)34788-9/fulltext
24. World Gastroenterology Organisation – Probiotics & Prebiotics Guideline
https://www.worldgastroenterology.org/guidelines/global-guidelines
25. ESNM Consensus Paper (2024): Microbiome Diagnostics
https://www.esnm.eu
Lese auch:
- Mikrobiomtest: sinnvoll oder nur teures Extra?
- Reizdarm & SIBO: Ursachen, Symptome & Therapie
- Die Bedeutung von Mikronährstoffen: So förderst du deine Gesundheit durch Vitamine und Mineralstoffe
